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我校有中山医院、华山医院、儿科医院、妇产科医院、眼耳鼻喉科医院、肿瘤医院、金山医院、上海市第五人民医院、上海市公共卫生中心、华东医院十所附属医院。

附属医院是培养高层次临床医学专家的摇篮，有一批蜚声海内外的著名临床医学专家，更拥有一大批出类拔萃的中青年骨干和学科带头人。临床医学曾经涌现了黄家驷（外科）、林兆耆（内科）、沈克非（外科）、荣独山（放射科）、王淑贞（妇产科）、陈翠贞（儿科）、郭秉宽（眼科）、胡懋廉（耳鼻喉科）、钱惪（传染科）、杨国亮（皮肤科）、吴绍青（肺科）等11位国家一级教授。

附属医院拥有肿瘤学、神经医学、心血管病学、影像医学等一批具有相当实力和优势的学科和学科群，作为医学科研基地，承担和参加多项国家自然科学基金、教育部、卫生部和上海市项目基金的研究工作，获得了众多的科研成果，肝癌临床、新喉再造、颅底显微外科、臂丛根性撕脱伤等研究达国际先进水平。

附属医院每年承担大量的医疗任务，接受和诊治众多来自全国各地和海外的疑难危重病例，成功抢救大量心脑血管意外、气管异物、复合性外伤等急诊病人。设有普通门诊、专家门诊、专科专病门诊、疑难杂症会诊、干部保健、特需服务等多种形式各种层次的医疗服务。