目前学校理工医科有数学科学学院、物理学系、化学系、高分子科学系、环境科学与工程系、信息科学与工程学院、计算机科学技术学院、软件学院、微电子学院、材料科学系、航空航天系、生命科学学院、大数据学院、大气与海洋科学系/大气科学研究院、类脑智能科学与技术研究院、基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、放射医学研究所、现代物理研究所/核科学与技术系、神经生物研究所、发育生物研究所、先进材料实验室、生物医学研究院、脑科学研究院、人类表型组研究院等27个院系(所)。

学校现有国家平台基地9个,包括国家重点实验室5个,国家临床医学研究中心2个,国家制造业创新中心1个,以及上海数学中心。现有各类省部级平台基地80个,包括科技部新农村研究院1个,教育部前沿科学中心1个,教育部重点实验室13个,教育部工程技术研究中心7个,教育部国际合作联合实验室1个,科技部国家国际科技合作基地5个,国家外专局学科创新引智基地8个,卫健委重点实验室9个,总后卫生部重点实验室1个,国家林业局野外台站1个,上海市重点实验室15个,上海市工程中心11个,省部共建协同创新中心1个,上海市协同创新中心2个,上海市研发公共服务平台专业技术服务平台4个。

近年来,学校科技工作始终坚持围绕服务国家战略和社会需求,承接国家和上海市重大科研项目,科研项目和经费规模稳步增长,科研能力逐步提升。从2016年到2018年,理科科技到款经费总计68.85亿元,获批牵头承担国家重点研发计划66项,承担国家自然科学基金2013项,新建校企联合实验室7家,获得国家奖项目奖3项、中华人民共和国国际科学技术合作奖1项、省部级一等奖18项、省部级人才奖3项,获得专利授权1049项。

新形势下,学校利用学科优势,提升社会服务能力,与地方政府共建张江研究院、无锡研究院和宁波研究院,与26个省市及地方政府签署科技合作协议;同时,通过创新转化机制,走出了一条具有复旦特色的成果转化之路,2016年学校签订的专利许可/转让合同金额超过5亿元。

复旦大学科学技术研究院负责统筹管理学校理工医科科研。